曹操怎樣殺華佗，在《三國演義》第七十八回載述詳細。
　　曹操為造建宮殿，揮劍砍倒躍龍祠前的梨樹，得罪了梨樹之神，當晚做了個噩夢，驚醒之後便得了頭風病，嚴重時頭痛欲裂，遍尋良醫均不見治效。後來，華歆向曹操推薦華佗，曹操馬上派人將華佗請來。
　　華佗診視後認為，頭痛是因中風〈中了風寒〉而起，病根在腦內，不是口服湯藥就能治癒。應先飲「麻肺湯」（即「麻沸散」，華佗發明的一種麻醉劑），再以利斧劈開腦殼，取出「風涎」，方可除去病根。
　　生性多疑的曹操，誤判華佗要借機殺他，為關羽報仇，於是將華佗收監拷問，一代神醫就此屈死獄中。
　　以神經外科醫師的角度來看，曹操是罹患了慢性硬腦膜下腔出血。五六十歲的年紀容易出現腦萎縮，腦部表面血管容易拉扯斷裂出血，只要發生輕微的腦部撞擊，就容易造成出血。血塊會慢慢累積壓迫腦組織，一、兩個月後可能出現頭痛、嘔吐、意識障礙或半側麻痹等症狀，這就是慢性硬腦膜下腔出血。這種出血在頭部撞擊之後的幾天之內，可能連電腦斷層掃描都無法檢查出來。
　　曹操連年征戰，多年下來肯定積累不少頭部撞擊的傷害。以現代的神經外科技術，只要在顱骨上鑽一個一元硬幣大小的孔洞，將底下有血水的腦膜切開，引流出來即可。不過，在三國時代醫療技術有限，華佗提出這樣的診斷與處置，當然遭到質疑，最後還落了個冤死下場，確極悲哀。（張尚文〈警眷/現為神經外科主治醫師〉）