董卓被殺時，宮廷禁衛左翼指揮官高陽侯蔡邕，正在王允座上作客，聽到消息驚嘆一聲！王允立刻翻臉厲聲斥責：「董卓是國家巨賊，幾乎把漢王朝皇家顛覆，你是國家的高官，應該跟國家同一立場，全心憤慨，想不到你卻懷念他對你的一點私人恩惠，反而為他悲痛，豈不就是叛徒。」逮捕蔡邕，交付司法部監獄。
　　蔡邕承認自己有罪，道歉說：「我身雖居於一個不忠的地位，君臣古今的大義耳所常聽，口所常言，豈肯叛國家，袒護董卓，請免一死！我願臉上刺字，雙腳剁下，允許我完成我所撰寫的漢史。」許多高級知識分子及高官，憐憫蔡邕，極力營救，王允一律拒絕。全國武裝部隊總司令馬日磾對王允說：「蔡邕，蓋世奇才，對漢王朝史蹟典故瞭解最豐，如果能完成這項史書，將是一代臣典。而他的罪名微不足道，殺了他，豈不使天下人失望？」
　　王允說：「從前武帝不殺司馬遷，使司馬遷寫出謗書『史記』，流傳後世，而今國衰，兵馬就在郊外，不可以使奸佞的人，在幼主左右執筆，對主上的聖德沒有幫助，卻毫無疑問的；我們將受到他人的諷刺和嘲笑。」
　　馬日磾告辭退出，對旁人說：「王允的子孫莫非就要滅絕，善良的人是國家命脈，制度創作是國家的經典，斬斷命脈，廢除經典，豈能長久？」
　　蔡邕在監獄中被處死，為何王允堅持非殺蔡邕不可？他說的那些理由至堪玩味，如果是因為蔡邕受到董卓親信倚重，王允同樣受到董卓所擢升，僅只一聲驚嘆！罪何至死？
　　以下個人有兩點看法：一是王允忌妒蔡邕在史學上的成就，和超越了他的才華。二是王允罵蔡邕是個奸佞，卻不知道他自己才是個真正搖尾乞憐的馬屁精。不然董卓焉能將中央大權交給他掌管。因此，王允平時一些醜態作為，蔡邕早已知道得一清二楚。王允抨擊司馬遷的「史記」是一部謗書，當然他更恐懼蔡邕的「謗書」出世，所以王允不得不殺掉蔡邕。(吳懷寧)